安装Open Source版PyMOL

本文讲述如果在windows下安装PyMOL。众所周知，PyMOL官方版，需要有教育license或者付费。Open Source版本的PyMOL可以自由使用。那么，如何安装呢？

PyMOL需要在Python环境中安装，这里我建议用Anaconda环境。Anaconda会帮你配置好Python，安装一些包很方便。怎么安装Anaconda参加别的教程。

1. 打开Anaconda Navigator，点击Powershell Promote

进入Powershell命令行。

2. 安装必须的包：

   在终端执行：

   conda install -c conda-forge pip numpy pmw

   这样就安装好了需要的numpy和pmw。

3. 下载PyMOL以及PyMOL-launcher的.whl 文件

   .whl (wheel)文件是 Python的一个分发格式，可以理解为安装包。PyMOL的安装包被存在如下的网站中：

   https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol-open-source

   以pymol_launcher为例，它的wheel命名规则如下：

     pymol_launcher‑2.5‑cp311‑cp311‑win_amd64.whl
              \          \          \
               \          \          \__ for 64 bit Windows
                \          \
                 \          \___________ for Python 3.11.x 
                  \
                   \__________________ PyMOL version 2.5

   注意下载版本号匹配的 pymol_launcher和 pymol。我下载的是: pymol_launcher‑2.5‑cp311‑cp311‑win_amd64.whl和pymol‑2.6.0a0‑cp311‑cp311‑win_amd64.whl

   下载之后，这些文件默认存储在D:\Download-temp等文件。你的浏览器下载路径可能不同。

4. 安装wheel文件，

   在powershell终端执行:

   cd D:\Download-temp #进入下载目录
   pip install --upgrade --no-deps pymol-2.4.0-cp38-cp38-win_amd64.whl # 安装

   看到：

   Successfully installed pymol-2.6.0a0 pymol-launcher-2.5

   说明安装成功。

   在终端执行

   pymol

   即可启动。