集群申请节点登陆计算

Created
Tagsserver

在SZBL服务器上,可以开辟节点进行计算,以完成登陆节点计算的需求。通常为Singularity或者交互式脚本作业。本教程以ASE-Gaussian寻找NEB为例。

申请开辟节点

slurm原生系统可以通过salloc开辟节点,然后登陆节点进行计算。开辟节点指令如下:

salloc --nodes=1 --partition=cu-1 --ntasks-per-node=32

运行后,slurm系统提示:salloc: Nodes node038 are ready for job

开辟节点后,我们发现如下节点node038已经开辟:

JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)            
           5187948      cu-1 gauss-cp    xchen  R    5:12:06      1 cu195  
           5089627      cu-1 gauss-cp    xchen  R 2-00:24:10      1 cu198 
           5204457 cpuPartit     bash    xchen  R       6:36      1 node038

熟入ssh node038 登陆节点。

运行Singularity容器

这一步视为已经build好ASE-Gaussian的Singularity容器。开启容器内的conda 环境.

source /root/.bashrc