集群申请节点登陆计算
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在SZBL服务器上,可以开辟节点进行计算,以完成登陆节点计算的需求。通常为Singularity或者交互式脚本作业。本教程以ASE-Gaussian寻找NEB为例。
申请开辟节点
slurm原生系统可以通过salloc开辟节点,然后登陆节点进行计算。开辟节点指令如下:
salloc --nodes=1 --partition=cu-1 --ntasks-per-node=32
运行后,slurm系统提示:salloc: Nodes node038 are ready for job
开辟节点后,我们发现如下节点node038已经开辟:
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
5187948 cu-1 gauss-cp xchen R 5:12:06 1 cu195
5089627 cu-1 gauss-cp xchen R 2-00:24:10 1 cu198
5204457 cpuPartit bash xchen R 6:36 1 node038
熟入ssh node038
登陆节点。
运行Singularity容器
这一步视为已经build好ASE-Gaussian的Singularity容器。开启容器内的conda 环境.
source /root/.bashrc